接下来为什么要限制Apache用户 ，另外两个问题就出现了：
我可能的解决scheme（我喜欢知道你select哪个解决scheme，为什么）：
如果您觉得合适，请提供其他解决scheme。 （也许selinux是？）
当前状态：
编辑：
对不起，没有提供赏金呢。 我需要知道的最后一件事是关于问题＃2：当通过PHP允许bash脚本时，我怎样才能防止我的系统受到攻击（叉炸弹，读取敏感数据）？ SELinux / Apparmor能抵御这些事情吗？
SELinux或Apparmour是实现真正的高级安全性的严肃方式，而不仅仅是Web应用程序。 虽然他们并不简单，但是很多现代化的发行版在整合Redhat / SELinux和Ubuntu / Apparmour方面做了很多工作（后者被认为更容易维护）。
如果安全是你想仔细阅读的东西，我build议尽快开始他们！
使用suexec ，运行PHP作为一个FastCGI服务（可能与safe_mode和open_basedir但这些将来会被弃用）。 由于suexec他们不应该被允许进入其他目录，假设每个网站都有自己的专门用户，例如user1用于/var/www/www.website1.com/和user2用于/var/www/www.website2.com/ 。
修改你的/etc/fstab文件，使其不允许在/tmp可执行文件。
如果真是偏执狂，你可以一起禁用CGI / FastCGI，并将Apache设置为代理软件（Ruby on Rails应用程序，Catalyst应用程序等）的独立应用程序。 而这又由其各自的用户执行。
目前的趋势就是运行轻型虚拟化（openvz，lxc等）和分离系统中的客户。
这不会使您100％分离资源，但会大大降低与多个客户之间共享资源相关的风险。
一般来说共享主机==共享安全，不pipe你有多强硬，都可以确定有人会滥用它;）
为了确保Apache生成的CGI以拥有它们的用户身份运行，我依赖于suPHP ; 它不限于PHP，可以用任何解释器处理任意的CGI，并提供一个相对可控的环境来执行它们。 一旦将用户定位为非特权帐户，就需要像平常那样通过login权限保护系统（每个用户的进程和内存限制，用于保护系统文件的非SELinux策略）用户等）。