我只是设置VPS来运行Apache的php5-fpm，它被设置为以user：user身份运行每个用户池。
原因很简单，就是允许用户真正拥有自己的文件，而不是由www-data拥有自己的文件。 这些内容不能被这些用户改变/删除。
php5-fpm似乎为我解决了这个问题。
如果有的话，这种设置的安全含义是什么？
这是为用户可能不被信任的单独应用程序（即共享主机）设置单独环境的一种相当常见的方式。 你是正确的，它将使用* nix权限隔离每个池文件，绕过这些限制将是困难的，而不会说权限系统本身的漏洞（如特权升级错误）。
在senario中，应用程序受到攻击并授予攻击者系统访问权限，他们将只能访问该用户可以访问的系统中的位置（应该严格限制这些位置）。
您应该考虑的是确保user：usergroup被locking，以便在出现妥协的情况下，受到攻击不能隐式影响其他应用程序的操作。 例如
/etc/security/limits.conf和RAM，磁盘配额）。