在一个Tomcat实例上最好是托pipe两个不同的网站？

同样的瞬间是好的。 它取决于网站是如何加载的，而且如果需要特殊的configuration和加载模块，但通常维护单个实例通常更容易。

两个tomcat实例将是一个记忆猪，没有性能优势。 处理任何独特的虚拟主机等通过Apache代理到Tomcat，并通过Apache服务的网站。