我希望一个应用程序使用VPN连接，而另一个则不需要。
我使用的Xubuntu（从而XFCE），但我想要一个命令行/静态configuration解决scheme，如果可能的话。
有没有可能做到这一点，如果是的话如何？
一旦我想这样做，我在虚拟机（我喜欢VirtualBox）中运行该应用程序，并configuration来宾操作系统实例，使其所有的stream量完全是VPN路由。 可以说是相当矫枉过正，但是这意味着你不必担心所有的应用程序（以及任何产生的）数据包是否真正被路由到了你想要的位置。 现代虚拟机的无缝窗口和共享文件夹function意味着在虚拟机中使用应用程序也可以非常轻松。
最简单的方法是使用可以将自身暴露为SOCKS服务器的VPN，然后使用任何袜子包装工具（例如tsocks）都可以做到这一点。
否则iptables可以通过使用数据包标记，然后使用它来进行pathselect。
如果只是通过让VPN只为其添加相关路由而轻松实现的一个特定目的地。
当然，如果它只是一个应用程序，我会试图使它使用SSL，所以根本不需要VPN。
如果您需要使用的应用程序仅连接到特定地址（即：到工作机器的RDP会话），则可以使用路由表强制该通信量的目的地通过VPN链接，或使用iptables作为build议。
你可以尝试使用iptables的owner模块，如果你可以让有问题的应用程序作为一个特定的用户运行（ man iptables ，searchowner并想到你可以做什么开始，我没有现成的解决scheme，我都不记得语法除此之外它使用--uid-owner命令行选项）。
由timday提出的解决scheme（使用openvz，xen或virtualbox在guest虚拟机实例中运行的应用程序）也应该可以工作，但是如果可以的话，您可能可以将有问题的进程限制为特定的用户。
定制应用程序在同一networking（子网）上所需的所有资源？ 如果你可以把你的自定义应用程序所需的资源放在自己的网站上，那么使用一个中继VPN将很容易。 作为VPN链接的唯一资源将是自定义应用程序。 所以只有那个应用程序的stream量才会通过VPN，其他所有的stream量都会清空。
如果您使用的是IPSEC，则应该能够添加与特定TCP或UDP端口匹配的安全策略。 对于Xubuntu，你必须安装ipsec-tools，并把类似的东西
spdadd 10.1.1.0/24 10.2.2.0/24[4000] tcp -P in ipsec esp/tunnel//require;
在/etc/ipsec-tools.conf中。 上面的（完全组成的，未经testing的）示例通过VPN强制stream量到TCP端口4000。