不明原因的过多的数据库响应时间 – 非常强大的硬件，微小的数据库

我有一个奇怪的问题，现在反复困扰着3个不同的服务器。

问题

请参阅NewRelic的图表，显示在数据库中花费的大量时间。

硬件;

• Phpmyadmin表消失，但网站读取完美
• 在Apache 2.2服务器之间迁移时，htdbm和mod_authn_dbm失败
• 磁盘上的数据库文件结构
• MSSQL Server 2008R2复制停止，没有延迟，没有错误，用户数据丢失
• 连接到服务器时，服务器是否使用带宽？

本来，我有一个强大的，但超额认购的VPS，这是我把问题放在。 然后，我转移到一个完全专用的服务器，这是不是很强大（但我的都是我的），双核Athlon，4GB RAM，250G磁盘，Ubuntu 13.10,100Mb / s连接。

我现在已经进入了一个至强E3-1270 V2 3.5GHz，4核心，8个逻辑核心，16GB DDR3内存，1TB磁盘，Ubuntu 13.10,1Gb / s连接的完全专用的盒子。 服务器的平均负载不会超过0.08。

应用程序

这是一个简单的，小型的PHP SMF论坛。

数据库

总共20MB，100个表，大部分是InnoDB。 它主要是读取，所有简单的查询，获取和设置数据，在数据库中没有“工作”。

数据库是Percona MySQL 5.6; 这是它的configuration; http://pastebin.com/yYCawtby

慢速查询日志已启用; 没有“慢速查询”。

如果任何人都可以就如何解决问题提供build议，我将非常感激。 谢谢。

编辑：IOTop输出;

EDIT2：CPU / MEM;

编辑3：结果;