我们有一个Redhat Centos 5.5系统，它有一个php / mysql应用程序。
服务器重启后，我们已经看到一些“较长”的脚本在60秒之后超时，或者浏览器提示用户下载php文件（这是空的）。
大多数PHP脚本运行良好，但有些不是。
没有代码改变，只有服务器重启。
EDIT1
phpinfo（）显示“Loaded Modules”为：
芯的prefork http_core mod_so mod_auth_basic mod_auth_digest的mod_authn_file模块mod_authn_alias mod_authn_anon mod_authn_dbm mod_authn_default mod_authz_host mod_authz_user mod_authz_owner mod_authz_groupfile mod_authz_dbm mod_authz_default util_ldap mod_authnz_ldap模块mod_include负责mod_log_config mod_logio mod_env mod_ext_filter mod_mime_magic模块指定mod_expires mod_deflate模块mod_headers中mod_usertrack mod_setenvif mod_mime mod_dav的mod_status的mod_autoindex mod_info mod_dav_fs可以mod_vhost_alias mod_negotiation模块mod_dir mod_actions mod_speling mod_userdir mod_alias中的mod_rewrite mod_proxy的mod_proxy_balancer的mod_proxy_ftp模块mod_proxy_http mod_proxy_connect mod_cache的mod_suexec mod_disk_cache mod_file_cache mod_mem_cache mod_cgi mod_version mod_perl mod_php5 mod_proxy_ajp mod_python mod_ssl
可能是mysql（如果远程服务器正在中断）或CentOS上的其他服务正在查杀线程。 我记得SE Linux是其中的罪魁祸首。
听起来像是升级，但从未踢，直到它重新启动。 最明显的将是一个新的php.ini，将max_execution_time设置为60秒。
我相信在php.ini中默认的mysql.connect_timeout是60
也许你有问题连接到你的脚本的MySQL？
在包含中断脚本的文件夹上，是否有.htaccess文件？ 是否有一个最大执行时间指令呢？ 也许.htaccess没有在旧的configuration中读取，但现在它可能被应用。
其他方法：可以是浏览器超时吗？ 你确定你的脚本发送了一些数据吗？ 你有一些错误（在Firefox控制台）？