这将是一个有点加载的问题。 我从1962年就开始在一家公司进行编程。很多东西，特别是电脑/networking的东西，已经过时了。 让我给出更多的背景。
该公司已经运行了Windows服务器。 在服务器上，许多计算机在共享的networking驱动器中都有文件，并且也有一些程序。 这就是全公司访问诸如会计和库存之类的东西的方式，以及如何共享文件。 不幸的是，从来没有一个强大的系统pipe理员参与任何devise。 会计系统运行在Foxpro上。 文件完全混乱。 员工似乎总是知道自己的方式，但为了成长和规模化，我们需要快速掌握这个networking。 我看到一些需要的东西：
我想在这个数据库之上构build自定义的应用程序来提供所有的function，并且构buildAPI，使我们的网站能够与我们的内部资源进行交互。 当我build立新系统时，显然我必须保留现有的系统。 我来自一个网页背景……并且非常适合Unix（我已经pipe理了几十台服务器来为网站服务），PHP和前端开发。 我想坚持我已经熟知的那些开源技术。
我脑海中最大的问题是从哪里开始。 我是否购买服务器机架，并开始构build全新的networking？ 一旦准备就绪，我是否会将每个人推送到新的networking，或者试图同时使用这两个networking，并慢慢迁离旧的？
我意识到这可能是一个需要一年或更长时间的项目。 我真的很感谢一些指导 – 系统devise的任何资源，我如何开始，无论如何。 我愿意投入工作 – 我只需要帮助创造一个愿景。
请不要冒犯这个，但我强烈build议你带一个专门从事系统和networkingpipe理的本地IT咨询公司。 我也是从许多以前的编程背景出发，在pipe理networking化服务器环境的过程中学到了很多难题。 谢天谢地，我有很多的导师和帮助，因为没有它，谁知道会留下什么样的阴燃残骸。
现在正确地回答你原来的问题：我看到两个错误，一个是Linux：不要误解我的意思，我喜欢Linux，并将它用于各种各样的angular色，但作为一个小公司的唯一服务器，没有冒犯性）没有全职的系统pipe理员正在寻求麻烦。 find有能力的Linuxpipe理员（而且find那些遵循最佳实践的人更难）是不容易的。 在路上，如果你离开，或者你聘请了一个新的人来接pipe你的职责，谁来照顾呢？
假设您不到75位最终用户，我会强烈build议使用3年现场/ 4小时更换保修的固态一级硬件（如Dell，HP，IBM）的Microsoft Small Business Server 2011 Standard。 至less有一个RAID 1镜像arrays的数据（和另一个系统，如果你能负担得起）。 获得至less8GB的内存，12GB更好。 投资于离线/异地备份：您可以从一些外部驱动器或磁带机开始，但是可以每天晚上与您一起离开现场。
对于定制的“一体化”数据库，我也没有提出build议：有很多更好，更可行的软件选项，除非你有一些非常具体的利基要求，只有定制的解决scheme可以提供，使用支持良好的第三方产品会更好。 你必须抵制“我可以写点东西”的程序员，并敦促并考虑长期支持这个解决scheme。
最后，我认为你和你的雇主需要决定你在这个公司的angular色。 听起来你是新来的，虽然你是对的，他们可能需要升级他们的系统，你不想咬掉更多的东西，也不能提供你被雇用的东西做。
编辑
现在有很多意见，所以我会退后一步，希望能提供一些平台无关的build议，这些build议对你来说是无用的，不pipe你最终结果如何：
做一个完整的清单，所有的系统和设备; 检查硬件的保修状态（如果是戴尔，IBM等，您应该可以使用服务标签来获得保修检查;如果是白盒服务器，他们可能仍然有某种标识符，但是您将拥有打电话找出最有可能的状态）。
做一个完整的数据清单：不要相信他们的C：盘上没有数据; 他们可能会这样做，实际上他们可能有PST文件遍布旧邮件的地方。 找出什么是关键的，什么是备份，什么是没有备份，如何备份，以及是否有任何事情是不在现场。 首先解决这个问题。 马上。 如果他们没有备份设置，现在就在Big Box商店购买一个外置USB驱动器，然后使用NTBackup（可能已经在该服务器上了），并进行完全备份，然后将其卸下。 如果他们已经备份了，请进行testing恢复（见下文）。
检查所有系统上的补丁级别（首先得到＃2）：不只是Windows更新，而是Java和所有的Adobe产品，并相应地进行更新（可能首先要做＃4，以便知道哪些机器比其他机器更高优先级即兼职工作人员的工作站可能比削减工资支票的会计师受到的损失要大得多。
与用户交谈：找出哪些工作正常，哪些工作不正常，感受到每个人的变化容忍程度，他们与IT人员的舒适程度（您可能会招聘一名帮手来整理事情），以及任何愿望清单有。 了解他们的业务stream程; 作为系统pipe理员，您的首要任务应该是确保业务所依赖的系统正常运行，并且要做到这一点，您需要知道每个人如何使用这些系统。
在＃1之后，你应该知道networking的设置。 寻找任何可以replace的旧的枢纽; 你至less需要10/100，切换方式。 检查防火墙/路由器（确保有防火墙/路由器），检查是否有任何打开的Wi-Fi接入点等。
如果你走的是Linux路线，那么坚持一个得到社区支持的发行版（Ubuntu将是一个不错的select），并将其设置在任何你能买得起的硬件上（正如你所知道的，现在租赁P4工作站）和尽可能与当前工作的系统隔离。 作为一个学习练习（并且在灾难恢复场景中可以付出巨大的收益），尝试让当前服务器上正在运行的核心应用程序先在另一个Windows机器上运行 – 使用您在＃2中完成的完整备份来完成testing恢复; 玩得开心:)
至于你的testing设置，你可以select购买一些强大的RAM，然后你就可以虚拟化（ESXi是免费的，XenServer也是免费的，VirtualBox也是免费的），但是如果当前的服务器是Windows 2003或者更早的版本，该FoxPro应用程序工作在一个非租赁的Windows XP工作站便宜。
现在拍拍自己的背部; 你现在有很好的备份; 你也做了testing恢复，现在更好地理解一切如何协同工作。 你也可能有一个（长）优先待办事项列表，在可预见的将来，这将使你忙碌。
哦，当这一切都完成，你现在有一个testing环境，你可以开始build立你的乌托邦“梦想”系统…或者可能去度假:)
虽然我通常更喜欢Linux在服务器端，但这绝对不是这些情况之一。 坚持与Windows，你永远不会知道用POSIX ACLpipe理Windows权限的恐怖。 不要将文件转储到数据库中，备份将会更容易。 build立一个干净的活动目录环境，你将有时间做长时间的午餐，而不是每次忘记改变用户的密码在十几个地方。
你实际上试图在这里重新发明各种车轮：
而且我向你保证，如果你试图从头开始写所有的东西，你的公司将会损失更多的钱，你的用户会恨你，你的工作安全将被严重降低。
我想稍微等一下，看看其他人的回答，但是从我的问题和回答中我可以收集到什么，我根本就没有理由build立一个服务器基础结构。 我会看看Office 365小企业解决scheme（ http://www.microsoft.com/en-us/office365/online-software.aspx ）这听起来像它正是你所需要的。 你没有Windows服务器pipe理经验，但显然是舒服的使用MS产品。 对于所有你想完成的数据库任务，你可以使用SharePoint的（你也可以在线获得微软的，但定制的需求）每个用户的成本起价为6美元。 如果你正在寻找去dynamic大平原，甚至可以在托pipe解决scheme（这里是一个谷歌挑选 – http://www.mygpcloud.com/accounting-solutions/business-essentials.aspx ）。
简而言之，我真的认为，要求一个没有大量专业知识的小企业来certificate拥有自己的基础设施所需要的开支是非常困难的。
更新：
这个问题一直困扰着我，最终我意识到你正在寻求解决技术问题而不是寻找业务问题。 EG你在原文中提到你想把文件存储在数据库中。 为什么？ 有这样的商业理由吗？ 文件共享出了什么问题？ 我认为，在你考虑平台和软件select之前，考虑业务需求并评估每个需求的潜在解决scheme是否合理。
我希望其中一位经验丰富，能言善辩的人在这里写一个真正的长篇和权威的文章来回答你的问题。 但是，这是我最好的刺：
第一步：做一些研究，统计用户数量，数据总量，如何保护它们免于失败？ 步骤2：清点现有硬件，统计所有事物，服务器，路由器，交换机，希望没有集线器）。 步骤3 :(我个人最喜欢的）决定是否可以将一些服务以经济有效的方式卸载到外部提供商。 例如，对于小型组织来说，托pipe电子邮件是一件好事，不必担心pipe理开销。 步骤4：确定需要哪些硬件和软件来保持业务正常，以及是否存在任何存储空间，性能等问题。步骤5：确定修复现有问题的计划。
您需要在您的业务需求，您想要的（使您的工作最简单）和两者之间很好地协调之间取得平衡。 如果是我，我会开始在基础设施，并确保路由和交换是稳定的（阅读：不是10mb集线器）。 然后，我会估量“服务器”的年龄，并计划用一对冗余伙伴来replace它。 如果一台服务器已经完成了这个工作了很长时间，一对好的系统可能会很好地完成这项工作。
至于迁移用户，这只是一个计划的问题。 就像我说的那样，从盘点开始。
如果我是你，我会从小做起，不断进步，只花费时间。
我做了一些类似于你十多年前所说的话。 虽然我们从7名员工开始，并达到30多个高峰。 没有IT系统，所以我把它放在一起。
我现在所使用的系统一直保持到5年前（除了最近的所有升级），现在仍在使用，公司仍在运行。 有一点，这是所有的Linux，但主要是因为我们买不起一个Windows服务器。
现在，它是与AD和内部DNS的Windows服务器，为本地打印机等提供解决scheme。 实际上freebsd和做邮件扫描等的路由器/防火墙，虽然你可以逃脱使用pfsense或更less。
顺便说一句，Linux是伟大的，但桑巴是一个真正的头痛，即使configuration正确，工作如何它应该不会像Windows服务器那么好！ 当时，有一些重要的function缺失，我相信仍然是。 所以帮你一个忙，并与Windows服务器。
除非您真的需要，否则不要升级会计系统。 不要解决什么不能打破。 它是否符合公司的需要？ 或者如果没有，那么考虑升级到别的东西。
组织档案就是提供一些pipe理股票和事情的东西，教人们把东西放在哪里。 它可以只是一个手动过程。 不要把它们放在数据库中，你会后悔的。 使用数据库，备份和恢复变得困难。 如果你丢失了一个文件而只想恢复一个包含该文件的logging呢？ 在此期间你已经添加了其他logging..现在你需要合并，以获得一个文件回y！
我的2美分，除非你的业务是IT咨询。 投资回报最好是花在业务驱动技术上，而不是相反。 如果你想要一个实验室build立一个实验室，但如果你利用技术来扩大你的业务，聘请一个顾问，TCO就会降低。
我住在这样的地方。 我们的顾问来自该地区，2-3个小时的路程。 大多数情况下，他们在出现问题时远程工作，但到现场进行项目实施。
（作者注：我害怕使用像投资回报率和TCO条款，但恕我直言，他们在这里相关）。